Die Höhe der Entschädigung richtet sich nach dem gemeinen Wert eines Tieres. Der gemeine Wert wird durch den Preis bestimmt, der im gewöhnlichen Geschäftsverkehr bei einer Veräußerung zu erzielen wäre. Nicht berücksichtigt werden Zukunfts- oder Liebhaberwerte.
Neben dem gemeinen Wert der Tiere werden grundsätzlich auch die Kosten der Tötung oder Schlachtung erstattet. Verwertbare Teile der Tiere sind auf die Entschädigung anzurechnen, d. h. Erlöse, die z. B. durch Schlachtung erzielt werden, mindern die Entschädigung.
Ebenfalls nicht entschädigt werden tierärztliche Behandlungskosten, Kosten der Reinigung und Desinfektion sowie wirtschaftliche Folgeschäden wie z.B. Verwerfensfälle oder wirtschaftliche Einbußen infolge von Sperrmaßnahmen.
Schätzverfahren, Minderung der Entschädigung:
Die Höhe der Entschädigung ist von einem beamteten Tierarzt zu schätzen.
Die Entschädigung wird von der Bayerischen Tierseuchenkasse festgesetzt und im Auftrag des Staates ausgezahlt. Sie darf nach § 16 Tiergesundheitsgesetz bestimmte Höchstwerte pro Tier nicht überschreiten:
| bei Pferden, Eseln, Mauleseln, Maultieren | 6.000 € |
| bei Rindern, Bisons, Wisenten, Wasserbüffeln | 4.000 € |
| bei Schweinen | 1.500 € |
| bei Gehegewild | 1.000 € |
| bei Schafen | 800 € |
| bei Ziegen | 800 € |
| bei Geflügel | 50 € |
| bei Bienen und Hummeln, je Volk | 200 € |
| bei Fischen, je kg Lebendgewicht | 20 € |
Für Tiere, die vor Erstattung der Tierseuchenverdachtsanzeige nachweislich an der Seuche verendet sind, wird die Höhe der Entschädigung um 50 % vermindert. Dies gilt nicht bei Milzbrand, Rauschbrand und Tollwut sowie für Rinder, bei denen nach dem Tode Aujeszkysche Krankheit festgestellt worden ist.